Ο Στάθης Παναγούλης γεννήθηκε στην Αθήνα, από οικογένεια που διαπνεόταν από δημοκρατικές αρχές. Το 1962 οργανώνεται στην ΟΝΕΚ και κατόπιν στην ΕΔΗΝ, όπου εκλέγεται γραμματέας της οργάνωσης στη Γλυφάδα. Για τη δράση του στην οργάνωση συνελήφθη πολλές φορές. Με την επιβολή της δικτατορίας το 1967 ολόκληρη η οικογένεια Παναγούλη μπαίνει στην πρώτη γραμμή του αγώνα. Η ιστορία του μεγαλύτερου αδερφού του, Γεωργίου Παναγούλη, αξιωματικού των ΛΟΚ, καθώς και οι ηρωικοί αγώνες του αδερφού του Αλέξανδρου Παναγούλη είναι ιστορικά γεγονότα, γνωστά σε ολόκληρο τον κόσμο. Μετά την ανατροπή της χούντας επέστρεψε στην Ιταλία, για να συνεχίσει τις πανεπιστημιακές του σπουδές στις πολιτικές επιστήμες, τις οποίες είχε αναγκαστεί να διακόψει. Το 1975 παίρνει το πτυχίο του με άριστα. Το 1977 κατεβαίνει για πρώτη φορά στις εκλογές και εκλέγεται πάλι βουλευτής το 1981 και ορκίζεται υφυπουργός Εσωτερικών στην πρώτη κυβέρνηση του Ανδρέα Παπανδρέου. Τον Αύγουστο του 1982 παραιτήθηκε, διαφωνώντας με πρακτικές που επέκριναν μετά από χρόνια ηγετικά στελέχη του κινήματος. Ίδρυσε την Ενιαία Σοσιαλιστική Παράταξη Ελλάδας και στις εκλογές του 1985 εκλέχθηκε βουλευτής στη Β΄Περιφέρεια Αθηνών, συνεργαζόμενος με το ΚΚΕ.